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昌平区水务局设8个内设机构。（一）办公室负责机关政务工作，负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、安全、保密、政府信息公开、电子政务和接待联络等工作；负责重要文稿的起草工作；承担重要事项的组织和督查工作；负责机关后勤保障工作。（二）水政科负责机关推进依法行政综合工作；负责起草本区有关水务方面的规章制度草案；承担水务发展与改革重大政策问题的调查研究，并提出意见、建议；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担本区水事纠纷协调工作；承担本区涉水事项行政许可工作；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关规范性文件的合法性审核和有关备案工作；指导水政监察和水政执法工作。（三）综合计划科负责编制本区水务中长期发展规划和年度计划，并监督实施；组织水务建设项目的规划和前期工作，建立、管理水务工程项目库，组织编制重要水务工程项目建议书和可行性研究报告，并负责立项申报工作；承担水务综合统计工作；参与水务匹配资金使用管理，配合有关部门提出有关水务方面的经济调节政策措施；指导水务科技和信息化工作；指导本区水土保持和农村水务管理工作。（四）水资源管理科承担本区水资源的统筹管理与配置、调度工作；编制本区水资源保护规划、用水计划和水量分配方案，并监督实施；指导本区节约用水工作；组织本区水资源的监测和调查评价；负责实施本区水资源论证、取水许可和凿井许可等制度；负责本区内自备井管理工作；负责本区水功能区的划分；研究核定本区水域纳污能力，提出限制排污及水环境治理的意见和办法，并监督实施；监督饮用水水源保护和水生态保护工作；负责水资源费征收工作；负责本区水文管理工作；指导农民安全饮水工作。（五）工程建设和管理科承担本区水务工程和设施的建设及管理工作；组织协调本区重点水务工程基建项目的建设和管理；监督实施水利工程建设技术质量标准和工程施工的规程、规范；承担水务建设市场的监督管理；组织有关水务工程的竣工验收工作，负责建设工程安全运行的监督管理；负责区属河道、水库、湖泊及其综合开发和利用的管理工作；协调本区水库移民后期扶持工作；负责本区重点水务工程的防洪安全工作。（六）供排水管理科负责本区供水和排水行业的监督管理工作；负责编制本区供水、排水和再生水利用发展规划和年度计划，并组织实施；负责供水、排水、再生水利用行业特许经营和排水许可的具体实施工作；监督管理公共供水单位及本区自建设施供水单位的供水水质和安全运行；指导、监督供水行业的服务质量；监督实施供水、排水和再生水利用设施建设、运行和管理的有关标准、规范和规程；负责污水处理费征收和使用的管理工作。（七）财务审计科负责机关及所属事业单位的财务管理、内部审计和资产监督管理工作；负责编制本系统资金预算、并监督实施；承担所属事业单位领导干部经济责任审计和财务审计工作；配合有关部门开展专项审计和稽察工作。（八）政工科承担机关及所属事业单位的党务、组织、人事、机构编制、离退休人员管理等工作。指导本系统工会、共青团、妇联等群团组织的工作。纪检、监察机构按有关规定设置。
