关于辞职克扣工资的问题

大家好，我遇到这么个事。我上一个工作干了3个月，从12月份到3月份，老板没给签合同，然后准备离职的时候，我打电话给经理，经理说你写一个离职申请，然后我照办了，写完发给他，他说已经发给了老板。也没个回信，就经理说了一些祝福语和交接工作配合什么之类的算是批准我离职了吧。 然后现在工资拖了2个月还没给我，期间我问过一次，他们糊弄我说15号发，我等到了月底又问了一遍，他们说给我查查，查完了跟我说。后来他们给我打电话，说我是当时是没过实习期，所以过年休息的时间不算工资，说是公司规定。还有离职要提前15天申请，否则也得扣钱，另外之前我垫的钱需要报销的，他们还说不一定能报完，有的是公司不需要，说是我自愿付的，不能给报。这样算下来一个30天，差不多要扣我25天的工资。说过年休息没工资是公司规定，当时也没说这个规定，我都不知道还有这规定，离职的时候我也没说什么非走不可之类的话，我只是说我想辞职，经理直接让我写的申请。现在要扣我一大半的工资，该怎么办啊！